南京林业大学的二本专业中，以下几个专业被认为是最好的：
园林：
园林专业在全国的排名中位于前五名，是南京林业大学的王牌专业之一，也是国家级特色专业。
林产化工：
林产化工专业同样是国家级特色专业，全国排名靠前。
木材科学与工程：
木材科学与工程专业也是国家级特色专业，全国排名非常靠前。
机械设计制造及其自动化：
该专业是省级品牌特色专业，全国排名也较为靠前。
农林经济管理：
农林经济管理专业是国家级特色专业，全国排名靠前。
森林工程：
森林工程专业是国家级特色专业，全国排名非常靠前。
轻化工程：
轻化工程专业也是省级品牌特色专业。
艺术设计：
艺术设计专业是省级品牌特色专业。
土木工程：
土木工程（品牌）专业是省级品牌特色专业。
工商管理：
工商管理专业是省级品牌特色专业。
工程管理：
工程管理专业是省级品牌特色专业。
交通工程：
交通工程专业是省级品牌特色专业。
工业设计：
工业设计专业是省级品牌特色专业。
这些专业在学术研究和就业方面都有很好的表现，建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的专业报考。