根据最新的SCI收录数据，中国高校在SCI期刊上的论文发表数量排名如下：
中国科学院大学：
以33080篇的发文量稳坐榜首，在科学与工程领域表现尤为突出。
浙江大学：
紧随其后，与上海交通大学竞争激烈，在多个学科领域均表现出色。
上海交通大学：
与浙江大学竞争激烈，在部分学科领域具有较强优势。
清华大学：
虽然排名第四，但以18119篇的发文量显示出其科研实力，在《自然》、《科学》等顶级学术期刊上发表了不少好文章。
北京大学：
排名第三，在科研质量和数量上同样表现出色。
复旦大学 、 中山大学：
在多个学科领域表现出色。
华中科技大学：
以15443篇的发文量成功进入前十，位列第十。
南京大学：
虽然近年来排名有所变动，但历史上曾是SCI收录论文数最多的中国高校之一。
以上排名基于最近的数据更新，具体排名可能会随着时间和新的SCI收录数据而有所变化。如果您需要最新的排名信息，请参考相关官方发布的最新数据