在日本，高等教育机构并没有像中国那样分为一本、二本和三本这样的分类方式。京都大学是一所位于日本京都市的世界知名综合研究型国立大学，其学术声誉、教学质量和研究实力等因素决定了它的水平，而不是简单地归为某一类别。
京都大学不仅是日本七所帝国大学之一，也是日本SGU计划（A类）、学术研究恳谈会、研究大学强化促进事业、日本海洋创新联盟、核能人才培养联盟、大学宇宙工学联盟、旧帝国大学、日欧JANET、日英RENKEI、东亚研究型大学协会成员。这些荣誉和成员资格进一步证明了京都大学在日本乃至全球高等教育领域的重要地位。
因此，从严格意义上讲，京都大学并不符合中国一本大学的分类标准，但它在日本的大学体系中无疑属于顶尖的研究型大学。