民办大学的校企合作是 合法的。校企合作是一种高校教育改革措施，旨在提高育人质量，通过学校与企业合作，让学生在校期间到企业实习，毕业后直接到企业就业。这种合作模式需要经过教育部的审批，并且合作过程中，学校和企业双方都需要承担一定的责任和义务。
关于校企合作收费问题，一般来说，正规的校企合作应当由学校统一收取学费，收费标准应经过教育局和物价局的批准核定。如果学校将教学实习的成本转嫁给学生，以校企合作名义向学生另外收费，或者把就业（顶岗）实习作为劳务输出，克扣学生应得的实习报酬，这些行为是不合法也不合理的。
因此，民办大学在校企合作过程中，必须遵守相关法律法规，确保合作的合法性和公平性，不能以校企合作名义进行不合理的收费或侵害学生的权益。