南京鼓楼区拥有众多高等教育机构，其中包括一些历史悠久和享有盛誉的大学。以下是鼓楼区内的一些主要大学：
南京大学- 简称“南大”，是教育部直属的全国重点大学，属于“211工程”和“985工程”。
南京师范大学- 简称“南京师大”，是江苏省人民政府和教育部共建的首批国家“211工程”重点建设高校。
河海大学- 简称“河海”，是以水利为特色，工科为主，多学科协调发展的全国重点大学。
南京医科大学- 在鼓楼区设有校区，是医学教育和科研的重要机构。
中国药科大学- 简称“药大”，是药学教育的重要基地。
南京中医药大学- 简称“南中医”，是中医药教育与研究的重要机构。
南京艺术学院- 简称“南艺”，是中国独立建制创办最早并延续至现今的高等艺术学府。
南京工业大学- 是以工科为主，多学科协调发展的综合性大学。
南京财经大学- 简称“南财”，是培养财经人才的重要基地。
南京审计学院- 简称“南审”，是培养审计人才的专业院校。
江苏城市职业学院- 提供各类职业教育和培训。
南京第二师范学院- 前身为江苏教育学院，是江苏省较早设置的省属公办本科学校之一。
江苏旅游学院- 提供旅游相关的教育。
这些大学中，有多所是985和211工程的重点大学，提供广泛的学科教育和研究。鼓楼区是南京市高校最为密集的城区，教育资源非常发达