民办大学的毕业证确实存在不同，主要体现在以下几个方面：
颁发单位不同
公办院校的毕业证和学位证由国家教育部统一颁发，具有全国认可性。
民办院校的毕业证由省级教育厅颁发，虽然也是国家承认的学历，但在社会认可度上可能略逊于公办院校。
证书内容
公办院校和民办院校的毕业证在内容上大致相同，但在专业名称、学习形式等细节处理上可能会有所不同。民办院校可能会略逊一筹，这在用人单位的招聘和研究生招生中表现得尤为明显。
社会认可度
由于公办院校通常拥有更好的师资力量、教学设施和教学质量，社会认可度普遍较高。民办院校虽然也在逐步获得认可，但在某些领域如公务员、选调生等政府机关和事业单位的招录中，仍存在一定限制。
教育形式
民办高校的教育形式多样，包括学历文凭考试和自学考试等。这些不同的教育形式会导致毕业证书的盖章、课程要求和承认度有所不同。例如，学历文凭考试的毕业证书由省考委与所读院校联合颁发，而自学考试的毕业证书则由自学考试委员会和主考院校一起颁发。
独立学院
独立学院是由公办本科院校与社会合作办学，其毕业证书上加盖的是举办方的印章，与民办院校有所不同。独立学院的毕业生在就业、升学等方面也会受到一定影响。
综上所述，虽然民办大学的毕业证在法律上的地位是平等的，但在实际应用中，由于颁发机构、社会认可度等方面的差异，其含金量和社会认可度与公办院校存在明显不同。因此，考生在选择民办大学时，应充分了解其教育形式和毕业证书的具体情况，以便做出更为明智的选择。