关于民办大学毕业当兵是否会退学费的问题，可以得出以下结论：
在校期间入伍
如果学生在就读期间应征入伍，持区县人民政府征兵办公室发出的入伍通知书，学校应当退还学生所缴纳本学年的全部学费。
毕业后入伍
对于已经毕业的学生，如果他们在毕业后应征入伍，根据相关政策，他们可以获得学费补偿。具体补偿标准为每学年最高6000元，入伍之初就可一次性获得2.4万元，相当于免费上大学。
减免学费
对于家庭困难的大学生，学校可能会酌情减免学费。此外，如果学生在部队上立功受奖或被授予荣誉称号，复学后可能会全免学费。
综上所述，民办大学的毕业生在当兵后，根据不同的入伍时间和情况，可能会获得不同程度的学费退还或补偿。建议咨询当地的教育部门或学校，以获取最准确和详细的政策信息。