自动化专业在二本大学中的排名情况如下：
南京工程学院：
在2024年电气工程及其自动化二本大学排名中，南京工程学院位居第一，最低分为524分，平均分为525分。
东北电力大学：
这所大学在电气自动化专业方面具有较高声誉，特别是在电力系统和控制领域。
华北水利水电大学：
该校在自动化专业方面也有较好的表现，涉及电力系统、控制系统、机电一体化等多个方面。
安徽理工大学：
这所大学在自动化专业方面也有一定的实力，特别是在机械设计自动化和电气工程及其自动化方面。
湖南科技大学：
这所大学在自动化专业方面也有较好的表现，特别是在电力电子技术和自动化控制技术方面。
东华理工大学：
这所大学在自动化专业方面也有一定的实力，特别是在计算机技术和控制系统方面。
河南理工大学：
这所大学在自动化专业方面也有一定的实力，特别是在机械设计自动化和电气工程及其自动化方面。
这些学校在自动化专业方面都有各自的优势和特色，建议根据个人兴趣和职业规划，选择合适的学校进行报考。