大学二本三本合并的原因主要有以下几点：
消除学历歧视
合并二本和三本有助于消除社会对三本院校毕业生的偏见，认为三本院校的学生没有考上一本才算上大学。
打破就业歧视
很多单位在招聘时将一本和二本作为硬性条件，三本院校毕业生往往被排除在外。合并后，这种歧视现象将得到一定程度的减轻，更加重视毕业生的实际能力。
修正办学目标
一些高中将一本和二本录取率作为办学目标，这背离了教育的初衷，导致教育越来越应试化。合并二本和三本有助于引导高中回归教育本质，重视学生的全面素质培养。
推进公办民办一体化
合并二本和三本有助于消弭公办和民办高校之间的界限，使高校之间的竞争回归到办学实力的竞争上，而不是单纯的录取招生竞争。
创造更多选择空间
合并后，学生可以在同一批次内选择更多学校，增加了录取的可能性，尤其是对于成绩中等但希望选择较好三本院校的学生。
减少录取工作量
合并二本和三本可以减少录取的工作量，简化录取流程，提高工作效率。
促进高校特色发展
合并后，所有本科高校在同一批次竞争，有助于高校办出特色，提高办学质量，而不是单纯追求录取率。
实现教育公平
合并二本和三本有助于实现教育公平，消除由批次划分引起的不公平现象，为民办高校提供平等竞争和发展的平台。
总的来说，二本三本合并是国家教育改革的一部分，旨在消除学历和就业歧视，推动高校特色发展，实现教育公平，并简化录取流程。