二本三本大学当兵的区别主要体现在以下几个方面：
提干和考军校的机会
重点本科：国家规定为重点本科院校毕业的学生在部队才有提干的资格，一本大学毕业参军入伍的当事人，一般情况下，在参军入伍的第二年时，可以直接提干。
二本三本：二本三本大学毕业参军入伍的当事人，符合相关条件要求的人员，可以参加提干考试，但相对而言，机会较少，除个别特别优秀外，一般无法提干。
军衔授予时间
一本：本科生入学一年以后，就可能被直接授予中尉的军衔。
三本：专科生要培训两年以后才能成为中尉，而三本生虽然也有机会，但需要更长时间和更多的努力。
学费补偿和返还
一本：本科生入伍后，可以免除大学四年的助学贷款，还可以返还大学四年每学年6000的学费，最高返2.4万元。
三本：虽然也有学费补偿，但具体金额和政策可能会有所不同，通常二本三本的学费补偿力度较一本大学要小。
考研和考公务员的加分政策
一本：在考研和考公务员方面有一定的政策倾斜，具体加分政策因地区而异。
三本：虽然也有加分政策，但相对而言，机会较少，且具体加分幅度可能不如一本大学。
部队培养和使用
一本：由于文化水平高，容易得到部队提拨，重点培养，专项任务培养。
三本：相对而言，培养和使用方面可能会受到一定限制，但个人表现优秀者仍有机会获得重用。
总的来说，二本三本大学当兵在提干、军衔授予、学费补偿、考研考公务员政策以及部队培养和使用等方面都存在一定的差距。虽然三本大学毕业生也有机会，但相对而言，重点本科大学的毕业生在部队的发展机会更多，优势更明显。因此，如果有志于在部队长期发展，建议优先考虑重点本科大学的毕业生。