查理大学提供的专业非常广泛，涵盖了从自然科学到社会科学，从人文学科到工程技术的多个领域。以下是一些主要的专业领域及其下属的具体专业：
自然科学
分子生物学
生物学
环境科学工程
生物医学工程
土木工程
电子计算机工程
物理学
地质学
工业管理工程
信息工程
材料工程
机械工程
数学
化学
人文学科
人类学
考古学
语言文学文化
音乐
哲学
历史
新闻
国际关系
艺术
经济学
金融
社会学
药学
解剖
临床医学
社会科学
幼儿教育
中小学教育
英语教学
农业
应用科学
电脑
环境科学
生态
公园管理
休闲管理
古迹研究
护理
制药
医学
应用生物工程
职能治疗
商学
会计
管理
营销
经济
人力资源管理
MBA
国际管理
其他
数值数学系（专注于数值线性代数和高性能计算）
新教神学
科学
逻辑学
性别研究
历史社会学
地缘政治学
巴尔干、欧亚和中东欧研究
此外，查理大学还提供英语授课的本科、研究生及本硕连读项目，包括科学、工程、数学、物理学、英语、艺术、历史学、印度尼西亚语言文学、法学、管理学、音乐、护理学、政治学、心理学、社会工作、社会学、商科、旅游学和宾馆、建筑和工程贸易、科技、车辆和电子贸易、职业和就职研究等专业。
建议根据个人兴趣和职业规划，仔细研究每个专业的课程设置、师资力量、研究机会和就业前景，以便做出最适合自己的选择。