上海最神秘的二本大学是 上海海关学院。上海海关学院直属于海关总署，是全国范围内唯一一所系统内设置海关学科专业与课程的本科院校。学校的前身是1953年成立的上海海关学校，经过多次更名和发展，于2007年正式成为全日制普通高等学校。学院开设了7个本科专业，涵盖管理学、经济学、法学、文学等学科门类，并在2012年被国务院学位委员会批准为“服务国家特殊需求人才培养项目”，2018年获得了公共管理以及税务2个硕士专业学位授权点。
上海海关学院的王牌专业是海关管理，毕业生大多成为公务员，在海关等国家机关、企事业单位从事行政管理等工作。学院因其高就业率和严格的政审要求而显得神秘，尽管它是一所二本大学，但录取分数线并不低，通常需要600多分才能考入。
综上所述，上海海关学院作为一所直属于海关总署的二本大学，以其专业的独特性和高就业率而备受关注，尽管知名度不高，但实力不容小觑。