武汉大学和南京大学都是中国顶尖的高等学府，具有深厚的历史底蕴和学术实力。它们在不同方面各有优势，因此很难一概而论哪个更好。以下是它们的一些比较：
历史底蕴
武汉大学始建于1893年，是中国最早的国立综合性大学之一，拥有丰富的文化底蕴和学术传统。
南京大学则追溯到1902年，是C9联盟高校之一，有着“江南第一学府”的美誉。
学术声誉
在软科排名中，南京大学位列第6，武汉大学排名第9。
在QS世界大学排名中，南京大学位列141名，武汉大学则在194名。
学科实力
第四轮学科评估结果显示，南京大学有21个A类学科，其中3个A+；武汉大学有19个A类学科，4个A+。
南京大学在理学、文学等方面实力雄厚，特别是在天文学、物理学等基础学科领域表现突出。
武汉大学在测绘、水利等领域独树一帜，其测绘学科被誉为“世界第一”。
科研成果
武汉大学在国家三大奖项上表现抢眼，排名全国第11。
南京大学在Nature和Science等顶级期刊发表论文数量上占优。
人才培养
两校都培养出了众多杰出校友，如南京大学的诺贝尔奖得主李政道、杨振宁，武汉大学的“杂交水稻之父”袁隆平。
国际化程度
南京大学与牛津、剑桥等世界名校有深入合作。
武汉大学在“一带一路”沿线国家建立了多个孔子学院。
建议
如果你更看重学术声誉和国际影响力，南京大学可能更为领先。南京大学在各大权威排名中的位置较为靠前，且在基础学科领域表现突出，科研成果在国际上有较高影响力。
如果你注重学科全面性和应用学科实力，武汉大学可能更适合你。武汉大学在多个领域都有较强的实力，特别是在测绘、水利等应用学科方面享有盛誉，并且近年来在科研领域取得了显著成绩。
如果你对特定学科有浓厚兴趣，建议进一步了解相关学科的详细情况。例如，南京大学的天文学、物理学等基础学科在国内和国际上都有很高的声誉，而武汉大学的测绘学科在全球范围内具有显著影响力。
最终选择哪所大学，还需根据个人的兴趣、职业规划以及未来发展方向来综合考虑。