民办大学中的三本和二本主要存在以下区别：
录取批次
三本：通常是指第三批录取的本科高校，主要是独立学院等，学费较高，一般学费在1.2万-3万元不等，最贵的可达每年10万元以上。
民办二本：虽然称为二本，但实际上属于民办高校，录取批次多为第三批，但也有部分发展较好的民办本科院校具备录取第二批考生的资格。
办学性质和收费标准
公办二本：经费来自财政支持，属于公益性质，收费标准较低，一般在3000-6000元/年之间。
民办二本：由民间资本投资兴建，追求投资收益，学费较贵，一般每年学费在1.2万-3万元不等，最贵的可达每年10万元以上。
生源质量
公办二本：录取线高于民办二本，主要原因是公办高校社会认可度较高，收费较低。
民办二本：由于收费较高，社会认可度相对较低，导致考生选择意愿不高，但合并本科批次后，一些民办高校的分数线有所提高。
教学质量和师资力量
三本：一般教学质量和师资力量较强，因为多为一本或二本大学举办的独立学院。
民办二本：可能存在教学质量不稳定或师资力量不够强大的问题，但也有部分民办高校由一本大学附属学校转设，师资力量较强。
社会认可度
公办二本：社会认可度较高，毕业生在就业和考研方面通常具有更多优势。
民办二本：虽然学费较高，但社会认可度相对较低，毕业生在就业和考研方面的优势不如公办二本。
总的来说，民办大学的三本和二本在录取批次、办学性质和收费标准、生源质量、教学质量和师资力量以及社会认可度等方面都存在明显的区别。考生在选择民办大学时，可以根据自己的需求和条件，综合考虑这些因素。