伊犁州内的二本大学包括：
伊犁师范大学：
伊犁师范大学是一所隶属新疆维吾尔自治区教育厅管理的普通高等师范学校，是教育部、新疆维吾尔自治区、江苏省共建院校。学校前身是1948年成立的新疆省立伊犁专科学校，1953年更名为伊犁师范学校，1980年经国务院批准升格为普通本科院校，定名为伊犁师范学院。伊犁师范大学在全国基本是本科二批招生，通常认为伊犁师范大学是二本大学。
新疆工程学院：
新疆工程学院是一所公办的二本院校，位于新疆乌鲁木齐。
喀什大学：
喀什大学是一所公办的二本院校，位于新疆喀什。
昌吉学院：
昌吉学院是一所公办的二本院校，位于新疆昌吉。
新疆科技学院：
新疆科技学院是一所公办的二本院校，位于新疆石河子。
新疆理工学院：
新疆理工学院是一所公办的二本院校，位于新疆库尔勒。
新疆警察学院：
新疆警察学院是一所公办的二本院校，位于新疆乌鲁木齐。
新疆政法学院：
新疆政法学院是一所公办的二本院校，位于新疆乌鲁木齐。
建议：
伊犁师范大学在伊犁州内的二本大学中具有较高的声誉和学术实力，建议优先考虑。
其他院校如新疆工程学院、喀什大学、昌吉学院等也是不错的选择，具体选择可以根据个人兴趣和职业规划来决定。