自动化专业的一本二本院校包括：
清华大学、 浙江大学、 上海交通大学、 哈尔滨工业大学、 北京航空航天大学、 北京理工大学、 东北大学等。
天津科技大学、 重庆理工大学、 青岛理工大学、 南京工程学院、 中南民族大学等。
东北师范大学、 哈尔滨工程大学、 东北电力大学、 东北林业大学、 北京信息科技大学、 北京电子科技职业学院、 北京石油化工学院、 上海电机学院、 吉林化工学院、 华北水利水电大学、 齐齐哈尔大学等。
建议根据个人兴趣、学术目标和地理位置等因素，综合考虑这些院校的专业实力、录取分数线和就业前景，选择最适合自己的学校。