南京的一本和二本理科大学包括：
一本大学
南京大学：由教育部和江苏省重点共建，属于全国重点研究型大学，2023年在各省的招生批次都是第一批次招生。
东南大学：同样是教育部和江苏省重点共建，属于985工程、211工程高校，也在本科一批招生。
南京航空航天大学：由工业和信息化部、江苏省人民政府、教育部共建，属于985工程、211工程高校，也在本科一批招生。
南京理工大学：被划分为双一流大学，以工为主，工、理、管、文、经、法、教育、艺术等多学科协调发展，属于一本批次招生。
河海大学：以水利为特色，工科为主，多学科协调发展，是教育部直属、教育部、水利部、国家海洋局与江苏省人民政府共建的全国重点大学，属于985工程、211工程高校，也在本科一批招生。
南京师范大学：由江苏省人民政府和中华人民共和国教育部共建，是首批国家“211工程”重点建设高校、世界一流学科建设高校、江苏高水平大学建设高校，也在本科一批招生。
南京农业大学：由教育部、江苏省人民政府、国家林业和草原局共建，属于211工程高校，也在本科一批招生。
中国药科大学：由教育部、国家卫生健康委员会、国家林业和草原局共建，属于211工程高校，也在本科一批招生。
南京中医药大学：虽不是985工程或211工程高校，但被认定为一本院校，通常在江苏省及全国大部分地区都属于一本招生批次。
二本大学
南京林业大学：有68个一本专业和28个二本专业。
南京医科大学：是教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校。
南京工程学院：是教育部“卓越工程师教育培养计划”和CDIO工程教育改革首批试点高校。
南京审计大学：简称南审，是中国唯一以“审计”命名的全日制普通本科院校。
南京体育学院：是一本大学，在体育科学、教育学等领域具有较高的学术水平和教学实力。
南京邮电大学：在二本理科中排名靠前。
南京工业大学：在二本理科中排名靠前。
南京中医药大学：虽是一本院校，但通常在江苏省内按一本招生。
南京师范大学：虽然是211工程高校，但在某些省份可能按二本招生。
河海大学：虽然是985工程高校，但在某些省份可能按二本招生。
南京理工大学：在某些省份可能按一本招生，但在其他省份可能按二本招生。
南京信息工程大学：在二本理科中排名靠前。
金陵科技学院：在二本理科中排名靠前。
南京晓庄学院：在二本理科中排名靠前。
南京审计学院：在二本理科中排名靠前。
江苏警官学院：在二本理科中排名靠前。
南京艺术学院：在二本理科中排名靠前。
建议：
一本大学：南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、河海大学、南京师范大学、南京农业大学、中国药科大学、南京中医药大学。
二本大学：南京林业大学、南京医科大学、南京工程学院、南京审计大学、南京体育学院、南京邮电大学、南京工业大学、南京中医药大学、南京师范大学（部分省份）、河海大学（部分省份）、南京理工大学（部分省份）、南京信息工程大学、金陵科技学院、南京晓庄学院、南京审计学院、江苏警官学院、南京艺术学院。