民办大学因税收问题被罚款的情况如下：
长沙医学院
补税金额：3.5亿元。
滞纳金：约1.9亿元。
税种和滞纳金：长沙市税务局第三稽查局要求长沙医学院补缴2016年1月1日至2020年9月30日期间的企业所得税（25%）和日万分之五的滞纳金。
马鞍山中加双语学校
偷税金额：7107.97万元。
罚款金额：706.55万元。
违法时间：2003年6月至2019年9月期间。
建议
民办高校应加强对税收法规的学习和遵守，规范税务管理行为，确保合法合规经营。同时，建议聘请专业的税务顾问或机构进行税务筹划和咨询，以降低税务风险。