福建对口合作大学排名如下：
厦门理工学院
厦门理工学院位于福建省厦门市，是教育部卓越医生教育培养计划实施高校、硕士学位授予单位、福建省A类一流应用型建设高校、福建省示范性应用型本科高校，入选国家双万计划。
莆田学院
莆田学院位于福建省莆田市，是教育部卓越医生教育培养计划实施高校、硕士学位授予单位、福建省A类一流应用型建设高校、福建省示范性应用型本科高校，入选国家双万计划。
福建师范大学
福建师范大学是福建省重点支持的大学，拥有较高的教学水平和研究实力。
闽南师范大学
闽南师范大学位于福建省漳州市，是福建省重点建设的高水平师范大学，闽台合作特色明显。
武夷学院
武夷学院位于福建省武夷山市，是福建省属高校，闽台合作特色突出。
宁德师范学院
宁德师范学院位于福建省宁德市，是福建省属高校，闽台合作特色明显。
建议：
厦门理工学院和 莆田学院在对口合作方面表现较为突出，具有较高的教学水平和研究实力，是福建省应用型本科高校的代表。
福建师范大学作为福建省重点支持的大学，整体实力较强，适合对学术研究和教育有较高追求的学生。
闽南师范大学、 武夷学院和 宁德师范学院等闽台合作高校，在闽台合作方面具有明显优势，适合希望了解台湾文化和进行两岸交流的学生。