亳州公办二本大学的排名如下：
亳州学院
排名：全国第349名
简介：亳州学院是国家教育部批准设置的公办普通本科高校，坐落于“国家历史文化名城”､全国“四大药都”之首——安徽亳州。这里文脉悠长，人文荟萃，一批圣哲先贤诞生于此，具有3700多年历史的亳州成为彪炳史册､泽被中华的道家文化､中医药文化的发祥地。
滁州学院
排名：全国第398名
皖西学院
排名：全国第443名
淮南师范学院
排名：全国第449名
亳州职业技术学院
排名：全国第464名
建议：
亳州学院在安徽省内及全国范围内的排名均较为靠前，具有较高的认可度。
如果考虑专业特色，亳州学院作为以中医药相关专业为主的高校，在相关领域内具有明显优势。
滁州学院、皖西学院和淮南师范学院也各有其特色，可以根据个人兴趣和职业规划进行选择。