东南大学在二本批次中的最好专业包括：
机械工程及自动化专业：
该专业是东南大学的传统强项之一，拥有深厚的学科底蕴和紧跟时代步伐的技术更新。学生可以学习到扎实的机械工程基础，并接触到自动化和智能制造等前沿领域的知识。毕业生就业前景广阔，深受国内外知名企业青睐。
电子科学与技术专业：
该专业在全国乃至全球的排名中都名列前茅，是东南大学的标志性学科之一。学生将接触到电子技术的最新成果，培养解决复杂电子系统设计与应用问题的能力。毕业生在电子信息产业和通信行业等领域具有极高的就业竞争力。
计算机科学与技术专业：
随着信息技术的飞速发展，该专业已成为热门之选。东南大学的计算机科学与技术专业不仅在国内享有盛誉，其全球排名也稳居前列。该专业注重理论与实践相结合，培养学生在软件开发、网络安全、人工智能等多个方向上的综合能力。毕业生广泛分布于IT企业、科研机构、政府部门等各个领域。
建筑学专业：
该专业历史悠久，师资力量雄厚，教学设施先进。学生将学习到建筑设计、城市规划、园林景观等多方面的知识，培养创新思维和实践能力。东南大学建筑学专业的毕业生在国内外建筑界享有很高的声誉，许多优秀作品都成为了城市的地标性建筑。
土木工程专业：
该专业在东南大学的学科建设中处于领先地位，拥有一流的师资力量和实验室设备。毕业生在建筑材料、工程和大地测量、房屋建筑学、建筑物与构筑物的构造与设计等方面具有广泛的应用。
信息工程专业：
培养具有信息的获取、传递、处理以及利用等方面的知识，能在信息产业等国民经济部门及国防部门从事信息系统的研究、设计、集成以及制造等方面工作的高级工程技术人才。
这些专业在师资力量、教学设施、学科排名和就业前景等方面都表现优异，是东南大学的重点专业和优势学科。建议考生在报考时根据自己的兴趣和职业规划，选择最合适的专业。