日本大学排名可能受到低估的原因主要包括：
语言障碍：
日本大学的授课语言主要是日语，而英语是国际上广泛使用的学术语言。这导致日本大学在教授和学生之间的国际交流及学术合作上存在困难，同时也影响了论文的国际引用机会。
国际化程度：
日本大学普遍国际化程度较低，教授和留学生中外国人的比例相对较少，这影响了排名中“国际化程度”的评分。
论文发表：
日本大学的论文多数以日文发表，而非国际通用的英文，这减少了论文被国际学术界引用的机会。
教育理念和体制：
日本大学的教育理念和体制可能相对保守，这影响了其在国际排名中的表现。
研究能力：
研究能力是排名的重要指标，日本大学的研究环境、培养学生和年轻研究人员的资金和财政支持可能与其他国家存在差距，这影响了其研究能力的评价。
学科设置：
日本私立大学中理工科普遍不强，甚至缺失，这影响了理工科类分值在国际排名中的贡献度。
大学规模：
相比其他国家的大学，日本大学的规模可能较小，这影响了其吸引国际学生和建立全球合作伙伴关系的能力。
以上因素综合作用，导致日本大学在世界大学排名中可能表现不如预期。