在南通市，被归类为公办二本大学的院校包括：
南通大学：
创办于1912年，是江苏省重点支持的高水平大学之一，涵盖文、理、工、农、医等多个学科领域。
江苏理工学院：
以工科为主，同时设有文科、理科、艺术等学科，是一所全日制普通本科高校。
江苏师范大学科文学院：
位于南通市崇川区，是江苏省内较有影响力的一所二本大学。
南通理工学院 （原名紫琅职业技术学院）：创办于2000年，是一所全日制普通本科高校，以工学为主，涵盖理、工、管、文、经、法等多学科。南通大学杏林学院：
经国家教育部批准成立的本科层次独立学院，涵盖多个学科门类。
建议：
南通大学作为江苏省重点支持的高水平大学，在多个学科领域都有较强的学术实力和影响力，是报考的首选。
江苏理工学院和 南通理工学院以工科为主，适合对工科专业感兴趣的学子。
江苏师范大学科文学院和 南通大学杏林学院作为独立学院，虽然独立，但依托母体学校的资源，也具备较好的教学条件。