南京大学没有合并的原因可以归纳为以下几点：
领导层的决策
合并后可能出现主权和从权的问题，这涉及到学校领导层的意愿和决策。
校名问题
有说法称，合并时因为校名的问题没有谈拢，导致合并未能成行。
实力差距
南京医科大学在某些时期与南京大学存在实力差距，合并可能稀释南京大学的学术声誉。
合并的必要性
如果合并不能带来明显的学术或资源上的优势，合并的动力就会减弱。
校内师生态度
南京大学医学院和南京医科大学的师生都曾反对合并，这阻碍了合并进程。
地方政策
例如苏州市对南京大学医学院有强烈的支持和期望，可能影响合并决策。
先例问题
全国范围内还没有两所985大学合并的先例，这样的合并难度大，没有成功合并也在情理之中。
其他高校合并案例
例如浙江大学合并案例的失败，可能影响江苏省对南京大学合并的态度。
以上因素综合作用，导致南京大学在合并潮中没有合并到任何一所高校，维持了其独立发展的状态