南京信息工程大学的学分制管理办法如下：
修读年限与学期安排
本科标准学制为四年，成绩特别优秀的学生可以申请提前一年毕业。
弹性修业年限最长不超过八年，休学等均计入弹性修业年限内，且在校实际学习时间不得超过六年。
每学年分为两个学期，每学期一般为20周（含考试），安排理论课、实验课、集中实践教学环节和毕业设计（论文）等环节。
课程分类
课程按修读方式分为必修课和选修课两大类。
必修课：专业培养方案规定学生必须修读的课程，包括公共基础课程、学科基础课程、专业主干课程和集中实践教学环节中的必修部分。
选修课：专业培养方案规定学生可以选择修读的课程，包括专业方向选修课程、专业任选课程（含特色课程）、集中实践教学环节中的选修部分及全校性通修课。选修课学分修读要求以专业培养方案为准。
学分计算
学分是学生学习量的计量单位，原则上规定理论课16学时为1学分；体育及实验课32学时为1学分；集中实践教学环节1周为1学分。
选课原则与程序
学生入学后第二学期开始可以选修通修课（大学语文除外），选课在每学期开学后两周内进行，分为初选和补选。初选不分先后，补选时先选先中，具体办法见选课通知。选修人数少于30人的通修课停开，由教务处会同学生所属学院通知学生改选其他通修课。
学生在选课前须认真阅读专业培养方案，选课时应在教师的指导下慎重考虑，结合自身的实际情况进行选课。开学两周后，经核准选定的课程，不得轻易更改。
成绩考核与预警
分在两学期或两学期以上学完的一门课程，各学期分别作为一门课进行考核，并分别按学期评定成绩，取得相应的学分与绩点。
学校每学期公布一次学生所取得的学分和平均学分绩点，对接近留级、退学规定的标准以及平均学分绩点<2.0者将予以学业预警。
成绩复查
学生如对考试成绩确有疑问，可于该课程考试成绩公布后至下一学期开学两周内向所属学院提交查卷申请，经批准后由开课学院指定专人查卷，并将复查结果书面通知申请学生。查卷过程中学生不得接触试卷。
这些管理办法旨在确保学生能够在规定的修业年限内完成学业，同时鼓励学生自主选择课程，培养自主学习和终身学习的能力。