齐齐哈尔市的三本大学包括齐齐哈尔工程学院和齐齐哈尔大学。
齐齐哈尔工程学院
性质：全日制民办普通本科院校。
排名：在全国150所纯民办院校中排名第94位。
专业设置：包括机电工程系、交通工程系、信息工程系、建筑工程系、管理工程系。
收费：属于高收费民办学校。
齐齐哈尔大学
性质：全日制本科教育与研究生教育的综合性大学。
排名：根据不同的教育评价机构，排名有所差异。例如，根据教育部的全国高校学科评估，齐齐哈尔大学在一些学科领域有一定的实力；而在QS世界大学排名、校友网络、科研论文等全球公认的排名体系中，齐齐哈尔大学可能排名相对靠后。
专业设置：学科门类较为齐全，其中工程、管理、教育、基础医学、农学等学科领域较为突出。
特色专业：食品化工、生物医药及师范类专业。
师资力量：拥有一支高水平的师资队伍。
就业率：毕业生的发展和就业前景较好。
国际交流：与俄罗斯、美国、日本、韩国等多个国家的院校和相关机构建立了合作关系。
建议
齐齐哈尔工程学院：如果你对民办高校有较高的接受度，且愿意支付较高的学费，齐齐哈尔工程学院是一个选择。学院的专业设置较为全面，尤其是工程和管理类专业。
齐齐哈尔大学：作为一所综合性大学，齐齐哈尔大学在多个学科领域都有不错的实力，尤其是工程、管理和师范类专业。学校的师资力量雄厚，就业前景也较好。如果你希望在黑龙江省内发展，齐齐哈尔大学是一个值得考虑的选择。
根据以上信息，你可以根据自己的兴趣、学术目标和财务状况，选择最适合自己的学校。