南京大学作为一所历史悠久的顶尖综合性大学，确实在某些方面面临挑战，导致其声誉和排名出现波动。以下是南京大学可能面临的一些问题：
学科设置不全面
南京大学的强项在文理科，但工科、农科、医学等方面相对较弱。
经费不足
经费不足可能影响科研投入和学科建设，与其他经费充足的大学相比可能处于不利地位。
体量较小
体量小和经费少可能导致南京大学在综合实力上难以与其他大型综合性大学竞争。
学术氛围和内部问题
学术氛围可能较为保守，教授间可能存在不团结和内讧现象，影响了学术质量和科研发展。
教师流失
近年来，优秀教师的流失可能导致了师资力量的整体下降。
宣传策略
相比其他大学，南京大学在宣传上可能较为保守，没有充分利用其资源进行推广。
外部环境因素
江苏省内其他城市的均衡思维可能限制了南京大学的发展，使其在资源分配上处于不利地位。
尽管存在上述挑战，南京大学依然是中国高等教育的重要组成部分，并在多个学科领域有着突出的表现和较高的国际认可度。大学的发展和排名受多种因素影响，包括学科设置、经费、体量、学术氛围、教师质量、宣传策略以及外部环境等。南京大学正在努力改善其弱项，并维持和提升其强项，以期在未来取得更好的发展。