南京最好的二本大学包括：
南京大学：
虽然南京大学是重点大学，但它的部分专业在二本批次招生，这些专业通常具有较高的学术水平和就业率。
东南大学：
东南大学在信息科学、控制科学与工程等领域有较高的学术水平。
南京航空航天大学：
以工科为主，在航空航天领域有国内领先水平。
南京理工大学：
在兵器科学与技术、材料科学与工程、信息与通信工程等领域有国内领先水平。
南京工业大学：
在化学工程与工艺、计算机科学与技术、安全工程、土木工程、材料科学与工程、无机非金属材料工程等专业有优势。
南京邮电大学：
依托南京邮电大学的教育资源，培养了大批通信和信息科技人才，是教育部、工业和信息化部、国家邮政局与江苏省共建高校。
河海大学：
在水利工程、环境科学等领域有较高的学术水平。
南京林业大学：
在林业工程、生态学等领域有较高的学术水平。
南京信息工程大学：
享有“中国气象人才摇篮”之美誉，是国家“双一流”世界一流学科建设高校。
南京农业大学：
在农业科学、生命科学等领域有较高的学术水平。
南京艺术学院：
是江苏省唯一的综合性艺术二本院校，也是中国独立建制创办最早并延续至现今的高等艺术学府。
南京工程学院：
主攻工程技术，是江苏省属的工科型二本院校，近年来在工程学科方面成绩斐然。
南京晓庄学院：
以师范教育为特色，历史悠久，培养了众多优秀教师。
金陵科技学院：
是国家建设类技能型紧缺人才培养试点高校，毕业生就业率始终保持在96%以上。
南京审计大学：
独特的审计专业使其在民办大学中独树一帜，毕业生就业率一直保持高位。
建议根据个人兴趣和职业规划，选择最适合自己的学校和专业。