日本最高的大学排名如下：
东京大学
简称：东大（とうだい）
创办时间：1877年
类型：国立综合性大学
特点：日本最古老的大学，亚洲顶尖的研究型大学，拥有丰富的学术氛围和先进的教学设施。
京都大学
简称：京大（きょうだい）
创办时间：1897年
类型：国立综合大学
特点：日本第二古老的大学，以独立思考和判断能力为教育宗旨，被誉为“科学家的摇篮”。
东京工业大学
简称：东工大（とうこうだいがく）
创办时间：1881年
类型：理工科大学
特点：日本顶尖的理工科大学，世界一流的理工大学，以工程技术与自然科学研究为主。
以上排名根据不同的评价体系和时间点可能会有所变化，但东京大学和京都大学通常被认为是日本最高水平的大学。