日本大学排名较低的原因可以归纳为以下几点：
规模较小：
与欧美大学相比，日本大学的学生和教师人数较少，导致每年发表的论文数量相对较少。
国际化不足：
日本大学在国际化方面动力不足，国际教师和国际学生比例较低，影响了排名。
论文输出不足：
日本大学偏重职业训练，学术论文输出不足，且多用日语撰写，向国际刊物投稿的频率较低。
研究能力下降：
与海外大学相比，日本大学在创造研究环境和培养学生及年轻研究人员方面存在资金和财政上的差距，导致研究能力下降。
资金不足：
日本国家教育预算占国内生产总值的百分比较低，影响了大学的科研经费投入和基础设施建设。
排名指标局限：
一些国际排名规则可能不合理，例如仅限于评议英文论文，或偏重理科论文的引用次数，使得人文社科类专业较多的日本大学处于不利地位。
教育理念和体制的保守性：
日本大学的教育理念和体制相对保守，缺乏国际化水平，以及就业环境等因素也是影响其排名的因素之一。
语言障碍：
日本大学的授课语言主要是日语，而英语是国际上通用的学术语言，这给国际交流和学术合作带来困难。
生源变少和质量变差：
日本的少子化和“宽松教育”导致本国生源不足，影响了大学的研究能力和整体排名。
这些因素综合作用，导致了日本大学在国际排名中的表现不如一些国际知名的大学