海军工程大学的毕业生主要分配在以下单位：
海军系统：
包括指挥机关、院校、研究机构、工厂、舰艇、基地等。
部队：
毕业生多数会到海军部队工作，部分可能分配到海军各级机关或研究单位。
其他：
部分毕业生可能会选择留校任教。
此外，海军工程大学的学生毕业后统一分配到海军部队工作，学校建立了一整套科学合理的量化考核和分配制度体系。
建议：
专业选择：如果希望分配到海军部队，建议选择与海军相关的专业，如舰艇动力、海军工程管理等。
个人发展：无论分配到哪个单位，都应该积极学习，不断提升自己的能力，以适应海军现代化建设的需要。