根据2024年QS世界大学专业排名，日本最好化学大学的排名如下：
京都大学：
世界排名第15位，化学系历史悠久，拥有专门的化学研究所，国际化交流频繁，对化学专业的发展有显著影响。
东京大学：
世界排名第23位，化学专业分布广泛，涉及理学和工学科，2020年日本大学专利申请量排名第一。
东京工业大学：
世界排名第32位，理工科强校，化学专业是重点专业，产学研结合，持有众多专利。
大阪大学：
世界排名第26位，化学专业拥有构造热科学研究中心，重视应用化学，致力于改善人们日常生活。
东北大学：
世界排名第45位，化学系发展卓越，多位教授获得文化勋章，研究生院设有多个研究科，重视研究人才培养。
这些排名基于不同来源的信息，排名可能会随着时间和不同评价机构的标准有所变化。建议在选择学校时，可以综合考虑学校的学术声誉、研究成果、师资力量以及国际化程度等因素。