在二本理科院校中，软件工程专业实力较强的大学包括：
淮北师范大学 聊城大学
桂林理工大学
四川师范大学
昆明理工大学
常州工学院
内蒙古工业大学
贵阳学院
成都信息工程大学
桂林电子科技大学
其中，特别推荐的大学包括：
桂林电子科技大学：
桂林电子科技大学是广西区紧缺人才专业，拥有软件工程一级学科硕士点和工程硕士点，形成了计算机辅助技术、信息安全及其软件开发、可信软件形式化技术等特色研究方向。该专业在二本院校中排名靠前，并且毕业生就业前景较好。
杭州电子科技大学：
该校软件工程专业是浙江省属高校最早设立的之一，拥有深厚的专业底蕴和丰富的教学经验。学校计算机领域实力较强，注重学生实践能力和创新能力的培养，毕业生在就业市场上具有较高的竞争力。
天津理工大学：
该专业是“天津市卓越软件工程师培养计划”专业，教学师资具备工程背景和行业背景的比例较高。专业教育突出专业理论、素养教育和工程化能力培养，学生专业基础扎实，实践能力强，就业效果较好。
大连理工大学：
虽然大连理工大学是大连市的一所重点大学，但其软件工程专业在二本院校中也有很好的口碑，培养了大量轨道交通和复合型软件人才，学生毕业后能找到良好的发展平台。
这些大学在软件工程专业的教学质量和就业前景方面都有不错的表现，可以根据个人兴趣和职业规划，选择合适的大学进行报考。