商丘市有两所民办大学，分别是：
商丘工学院 主管部门：
河南省教育厅
所在地：商丘市
办学层次：本科
备注：以工学为主，工学、管理学、经济学、教育学、艺术学、医学等多学科协调发展的地方性、应用型省属民办普通本科高校。学校设有多个教学院（部），开设本科专业31个，拥有河南省重点学科3个，河南省民办高校品牌专业11个等荣誉。
商丘学院 主管部门：
河南省教育厅
所在地：商丘市
办学层次：本科
备注：原名河南农业大学华豫学院，2002年由河南农业大学与河南商丘春来教育集团共同创办，2011年4月经教育部批准转设为民办普通本科院校。学校以工学为主体，工、农、管、艺、文、教、理、经多学科协调发展的专业格局，现有53个本科专业。
这两所学校均为本科层次的民办大学，为商丘市及其周边地区培养了大量高素质应用型人才。