深圳的二本理科院校包括：
深圳大学
主管部门：广东省
所在地：深圳市
办学层次：本科
南方科技大学
主管部门：广东省
所在地：深圳市
办学层次：本科
香港中文大学（深圳）
主管部门：广东省教育厅
所在地：深圳市
办学层次：本科
深圳北理莫斯科大学
主管部门：广东省教育厅
所在地：深圳市
办学层次：本科
深圳技术大学
主管部门：广东省
所在地：深圳市
办学层次：本科
建议：
深圳大学是深圳市创办的第一所本科院校，在教育质量、科研实力和校园设施方面均表现优秀，多个学科领域在广东省乃至全国都具有较高的声誉。
南方科技大学是一所高水平理工科大学，是国家高等教育综合改革试验校，拥有多个优势学科。
香港中文大学（深圳）和深圳北理莫斯科大学是内地与港澳台地区合作办学和中外合作办学的高校，具有较高的国际化程度。
深圳技术大学虽然是一所应用型本科院校，但其部分专业具有本科招生资格，可以授予学士学位。