第一军医大学改制的原因主要包括以下几点：
走精兵之路：
1985年百万大裁军之后，中国军队经历了多次精简整编，军队数量大幅减少，因此需要减少院校数量，优化军事教育资源分配。
提高办学效益：
当时军队院校的在校生数量较少，教育资源相对分散，导致教育效益不高，需要通过结构调整来提高效率。
培养高素质军事人才：
为了适应现代战争对复合型高素质军事人才的需求，依托国民教育体系培养军事人才成为一种通用做法，第一军医大学的改制符合这一趋势。
推进中国特色军事变革：
第一军医大学的改制是全军编制体制调整改革的重要组成部分，也是推进中国特色军事变革的实际步骤。
适应地方医疗需求：
陆军、海军、空军等不同的作战系统需要不同的医疗人才，通过改制，第一军医大学能够更好地服务于地方医疗需求，并更名为南方医科大学，在广东省的支持下，发展成为全国医学教育领域的佼佼者。
以上原因综合反映了当时国家军事教育改革的需要，以及第一军医大学适应这一改革做出的相应调整。