民办高校与学院的主要区别在于它们的设立依据、办学层次、举办主体以及学校名称。民办高校是由民间个人出资创办的独立大学，有独立的校名、组织机构、师资和校园，并且独立颁发毕业证书。而学院通常是高校下属的分院，不一定具备独立的法人资格和校园。
尽管大部分民办高校被称为“学院”，但也存在一些例外情况，它们直接被称为“大学”。例如，吉林外国语大学、宁波诺丁汉大学和西交利物浦大学就是六所直接称为“大学”的民办高校，而不是“学院”。
此外，独立学院与民办高校虽然都属于民办范畴，但它们在设立依据、办学层次、举办主体以及学校名称等方面存在明显区别。独立学院通常由普通高校与社会力量合作举办，并且一般设在某个大学名下。
综上所述，民办高校与学院的主要区别在于它们的独立性和办学层次，而直接称为“大学”的民办高校是其中的例外情况。
建议在选择民办高校时，可以进一步了解其办学资质和特色，以获得更全面的了解。