新疆对口合作大学排名如下：
新疆大学：
位于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐，是教育部与新疆维吾尔自治区人民政府“部区合建”的综合性全国重点大学，国家“双一流”建设高校，国家“211工程”建设高校，国家西部大开发重点建设高校。
石河子大学：
位于新疆石河子市，由教育部和新疆生产建设兵团共建，是国家“双一流”建设高校，部省合作共建高校，国家“211工程”重点建设高校，国家“中西部高校综合实力提升工程”和“中西部高校基础能力建设工程”高校。
新疆师范大学：
位于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市，由北京师范大学、华东师范大学、中国科学技术大学等内地高校共同承担对口支援，是教育部来华留学示范基地建设高校。
新疆农业大学：
在新疆省内排名第三，表现出色。
新疆医科大学：
在新疆省内也有较高的排名。
以上排名信息基于最近发布的数据，具体情况可能会随着时间和评价标准的改变而有所变动。