福州大学设有多个学院，以下是部分学院的列表及其专业设置：
电气工程与自动化学院
电气工程及其自动化
自动化
智能电网信息工程
储能工程与科学
机械工程及自动化学院
机械设计制造及其自动化
车辆工程
材料成型与控制
机器人工程
数学与统计学院
数学与应用数学
信息与计算科学
经济统计学
化工学院
化学工程与工艺
过程装备与控制工程
油气储运工程
土木工程学院
智能建造
交通运输类（包括交通工程、交通运输）
工程管理
给排水科学与工程
港口航道与海岸工程
水利水电工程
土木工程
环境与安全工程学院
环境工程
地质工程
安全工程
人文地理与城乡规划
资源循环科学与工程
经济与管理学院
公共管理类（包括行政管理专业、公共事业管理专业）
物流工程
物流管理
经济统计学
工业工程
电子商务
信息管理与信息系统
国际经济与贸易
经济学
金融学
财政学
财务管理
会计学
市场营销
工商管理
生物科学与工程学院
食品科学与工程
生物工程
生物医学工程
外国语学院
德语
日语
英语
物理与信息工程学院
通信工程
电子信息工程
电子科学与技术
光电信息工程
微电子科学与工程
应用物理学
数字媒体技术
物联网工程
集成电路设计与系统集成
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