东南大学排名退步的原因可能包括以下几点：
合并影响：
2000年东南大学与其他几所学校合并，其中包括一些中专层次的学校，这可能导致了师资力量和教育水平的变化，影响了其排名。
更名效果不佳：
东南大学原名南京工学院，后更名为东南大学，这可能导致一些年轻人对学校历史了解不足，从而影响了学校的知名度和排名。
宣传不足：
东南大学的知名度可能因为南京大学的名声而受到限制，外省学生容易将其与福建地区的大学混淆，导致关注度降低。
学术特色不明显：
与C9或华5等高校相比，东南大学在某一领域可能没有形成明显的优势，这可能导致了其在整体排名中的相对滑落。
地域因素：
南京不是国家首都，且在江苏省内的存在感可能不如其他城市，这可能影响了东南大学的地域影响力和排名。
经济因素：
与苏州、无锡、常州等城市相比，南京的经济发展水平可能较低，这可能间接影响了东南大学的发展和排名。
学科评估：
虽然东南大学在土建类专业上有强项，但可能由于其他高校，如南京大学，在学科评估中的进步，使得东南大学相对进步感觉较慢。
以上是东南大学排名退步的一些可能原因。