日本大学和大学院的主要区别包括：
学位不同
日本大学颁发本科学历。
大学院颁发研究生学历和博士生学历。
学制不同
日本大学的学制一般为4年。
大学院的课程设置通常分为博士前期课程（类似硕士研究生阶段）2年制，以及博士后期课程（类似博士研究生阶段），学制一般为3年至5年。
组织结构不同
日本大学是独立的高等教育机构。
大学院通常不是独立的机构，而是作为大学内部的一个分支机构存在，负责进一步的学术研究教育。
毕业后的未来发展不同
大学院和专门职大学院毕业生都持有修士文凭。
专门职大学院更侧重于讲课，招收的学生中有一定比例的社会人，并且要求任课老师在社会上除了做研究外还有其他工作。