锦州最好的三本大学有以下几所：
渤海大学：
渤海大学是辽宁省举办高等职业教育最早的普通高等学校之一，综合排名位居锦州前列。学校位于辽宁省锦州市，是一所综合性大学，涵盖了经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、管理学、艺术学等多个学科门类。
锦州医科大学：
锦州医科大学始建于1946年，前身为辽吉军区卫生学校，后经过多次更名和发展，成为一所以医学为主，多门类、多层次、多种办学形式的省属普通高等院校。学校坐落于辽宁西部历史文化名城锦州，校园占地面积广阔，拥有多个本科专业和硕士学位授权点。
辽宁工业大学：
辽宁工业大学始建于1951年，坐落于锦州市，是一所以工为主，理学、工学、经济学、管理学、文学、法学、艺术学等多学科协调发展的省属全日制多科性大学。学校入选了国家中西部高校基础能力建设工程重点建设高校，拥有多个一级学科和二级学科硕士学位授权点。
根据以上信息，渤海大学、锦州医科大学和辽宁工业大学在锦州市的三本大学中排名靠前，是锦州最好的三本大学。建议您根据自己的兴趣和专业需求，选择合适的大学进行报考。