福建最厉害的二本大学有以下几所：
厦门理工学院：
厦门理工学院在多个排名中均表现优异，2024年在全国排名第320位，是福建省实力较强的二本院校之一。
泉州师范学院：
泉州师范学院在2024年在全国排名第320位，是福建省最有发展潜力的二本院校之一，其本科毕业生就业率一直保持在97%以上。
福建工程学院：
福建工程学院是一所应用型本科高校，以工为主，工、管、文、理、经、法、艺等多学科协调发展，近年教学质量不断提升。
闽江学院：
闽江学院位于福建省会福州，虽然尚未更名为“闽江大学”，但其在学科实力和就业方面表现不错。
厦门医学院：
厦门医学院在医学类专业方面较为突出，是物理类高考生较为青睐的二本院校之一。
闽南科技学院：
闽南科技学院是一所理工类高校，由福建师范大学和菲律宾爱国华侨共同举办，学科实力较强，就业率保持在90%以上。
三明学院、 龙岩学院、 莆田学院等也是福建省内较为知名的二本院校，各有其特色优势。
综合以上信息，福建最厉害的二本大学可以归纳为厦门理工学院、泉州师范学院、福建工程学院、闽江学院、厦门医学院和闽南科技学院等。这些大学在各自的领域和专业方面都有较高的教学水平和就业率。建议考生根据自身兴趣和专业需求，选择最适合自己的院校。