南京的本科公办大学排名如下：
南京大学
简称“南大”，是教育部直属的重点综合性大学，也是国家“双一流”建设高校、国家级双创示范基地、九校联盟、中国大学校长联谊会、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟、国际应用科技开发协作网、东亚研究型大学协会、新工科教育国际联盟、中国高校行星科学联盟、长三角研究型大学联盟、学位授权自主审核单位成员。入选了国家“211工程”、“985工程”建设序列、“珠峰计划”、“强基计划”、“111计划”、“2011计划”。
东南大学
简称“东大”，位于南京，是国家教育部直属并与江苏省共建的全国重点大学，也是国家“985工程”和“211工程”重点建设大学之一，“三全育人”综合改革试点高校，全国深化创新创业教育改革示范高校。入选了“2011计划”、“111计划”、卓越工程师教育培养计划、卓越医生教育培养计划、国家大学生创新性实验计划、国家级大学生创新创业训练计划、国家建设高水平大学公派研究生项目。
南京航空航天大学
简称南航，位于江苏省南京市，是国家教育部直属并与江苏省共建的全国重点大学。入选了国家“双一流”建设高校、国家级双创示范基地、21世纪学术联盟、国际应用科技开发协作网、中国高校行星科学联盟、长三角研究型大学联盟、学位授权自主审核单位成员。入选了国家“211工程”、“985工程”建设序列、“珠峰计划”、“强基计划”、“111计划”、“2011计划”。
南京理工大学
位于南京，是国家“双一流”建设高校、国家级双创示范基地、21世纪学术联盟、国际应用科技开发协作网、中国高校行星科学联盟、长三角研究型大学联盟、学位授权自主审核单位成员。入选了国家“211工程”、“985工程”建设序列、“珠峰计划”、“强基计划”、“111计划”、“2011计划”。
河海大学
以水利工程为主，第四轮学科评估为A+，实力比清华大学还强，被称为我国水利人才培养的“摇篮”。
南京农业大学
在农业领域有很高的声誉，入选了国家“211工程”、“985工程”建设序列。
南京师范大学
在师范类专业方面较为突出。
中国药科大学
在药学领域有很高的声誉。
南京邮电大学
在信息通讯领域有很高的声誉。
南京信息工程大学
在大气科学领域有很高的声誉。
南京工业大学
在工程类专业方面较为突出。
南京审计大学
在审计类专业方面较为突出。
南京财经大学
在财经类专业方面较为突出。
陆军工程大学
在军事工程领域有很高的声誉。
南京林业大学
在林业工程领域有很高的声誉。
南京医科大学
在医学领域有很高的声誉。
这些排名综合了不同来源的数据，并考虑了各学校的学科优势、全国排名以及社会声誉等因素。建议您根据具体专业和兴趣，进一步了解各学校的详细情况。