湖畔大学在运营过程中出现了一些被视为危险信号的情况，主要包括以下几点：
政治敏感性：
湖畔大学的云南分校被勒令暂停，尽管随后湖畔大学辟谣称云南分校正在如期推进，但这一事件本身被视为一个敏感的政治信号。有观点认为，这种招收精英、培育精英的模式可能变相否定中国的人才选拔机制，撕裂中国人才群体，形成“你们和我们”的对立。
资本的影响力：
当资本壮大到一定规模时，可能会妄自尊大、忘乎所以，甚至觊觎公权力，进而对社会造成危害。湖畔大学的创办和运营被警告不要越位或染指公权力，因为在中国历史上，重农抑商是常态，商业巨头往往没有好下场。
社会舆论：
湖畔大学的规模和运营模式引发了社会舆论的关注和质疑。其占地广阔，录取难度极高，被认为是在脱离群众，可能形成新的社会阶层分化。
教育和选拔机制：
湖畔大学的模式被认为是在否定现有的人才选拔机制，可能加剧社会的不平等和分裂。
综上所述，湖畔大学在运营过程中面临的危险信号主要集中在政治敏感性、资本的影响力、社会舆论以及教育和选拔机制等方面。这些信号表明，湖畔大学的未来发展和运营需要更加谨慎，以避免引发更大的社会争议和负面影响。