在云南省内，最好的二本大学有以下几所：
云南农业大学：
云南农业大学是云南省省属重点大学，入选了国家“卓越农林人才教育培养计划”和“卓越工程师教育培养计划”，是全国第二批深化创新创业教育改革示范高校和国家“2011计划”建设单位。在全国大学排名中，云南农业大学位列第295名。
昆明医科大学：
昆明医科大学在全国大学排名中位列第277名，是云南省内非常受欢迎的二本大学，特别是在医学类专业方面。
云南师范大学：
云南师范大学在全国大学排名中位列第200名，是云南省内顶尖的师范类高校。
大理大学：
大理大学在全国大学排名中位列第309名，是一所综合性的二本大学。
西南林业大学：
西南林业大学在全国大学排名中位列第314名，以林业、生态等学科见长。
云南民族大学：
云南民族大学在全国大学排名中位列第380名，是一所民族类二本大学。
曲靖师范学院：
曲靖师范学院在全国大学排名中位列第402名，是一所师范类二本大学。
昆明学院：
昆明学院在全国大学排名中位列第434名，是一所综合类二本大学，校园环境优美，深受学生喜爱。
玉溪师范学院：
玉溪师范学院在全国大学排名中位列第456名，是一所师范类二本大学。
云南中医药大学：
云南中医药大学在全国大学排名中位列第470名，以中医药专业为主。
这些大学在云南省内及全国都有一定的知名度和影响力，各有其特色和专业优势。建议考生根据自身兴趣和职业规划，选择最适合自己的大学。