当前新疆合并后的高校排名如下：
新疆大学：
排名第一，是新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐的211工程大学，由新疆与教育部共建，是原211工程大学。新疆大学在2000年由原新疆大学和新疆工学院合并组建，2017年入选“双一流大学”世界一流大学B类建设高校。
石河子大学：
排名第二，位于新疆石河子市，由教育部和新疆生产建设兵团共建，是国家“世界一流学科建设高校”、部省合作共建高校、国家“211工程”重点建设高校等。石河子大学由原石河子医学院、石河子农学院、兵团师范专科学校、兵团经济专科学校在1996年合并组建。
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