安徽省内的二本大学及其王牌专业包括：
皖南医学院 王牌专业：
临床医学、药理学与毒理学。
蚌埠医学院（也有说法为蚌埠医科大学）
王牌专业： 临床医学专业。合肥师范学院
王牌专业： 教育学、文学、理学，特别是汉语言文学、英语等专业。安徽科技学院
王牌专业： 农业科学、工学，特别是农业机械化及其自动化、植物保护等专业。安徽工业大学（宣城校区）
主要专业： 工学为主，兼有管理学、经济学等学科。安徽工程大学（宣城校区）
主要专业： 工学为主，设有管理学、经济学等文科专业。安徽财经大学
主要专业： 经济学为主，兼有管理学、法学等文科专业。安徽师范大学
主要专业： 师范教育为主，设有文学、历史学、教育学等文科专业。安徽医科大学
主要专业： 医学类为主，设有医学、护理学等文科专业。安徽理工大学
主要专业： 涵盖理、工、医、管、文、法、经、艺等八大学科门类，拥有国家级特色专业2个，省级特色专业8个。安徽工程大学
主要专业： 涵盖工、理、文、管、艺等五大学科门类，拥有国家级特色专业3个，省级特色专业7个。安徽建筑大学
主要专业：
涵盖工、管、文、法、艺等五大学科门类，拥有国家级特色专业2个，省级特色专业5个。
这些专业在各自的院校中具有较强的教学水平和科研实力，可以根据个人兴趣和职业规划选择适合的专业。建议进一步了解各专业的详细课程设置和就业前景，以便做出更为明智的选择。