在南通市，排名前五的顶级大学如下：
南通大学
简称“通大”，是一所由江苏省人民政府和交通运输部共建的综合性大学。
始建于1912年，由私立南通医学专门学校和私立南通纺织专门学校合并组建。
是江苏高水平大学建设高峰计划建设B类高校，拥有硕士和博士学位授予权。
南通理工学院
简称“通理工”，是一所全日制普通本科高校，成立于2000年。
前身为紫琅职业技术学院，2014年升格为本科院校。
南通大学杏林学院
简称“杏林学院”，是一所本科层次独立学院，成立于1999年。
前身为南通医学院杏林学院，2004年随南通大学合并后更名。
建议：
南通大学在南通市乃至江苏省内都具有很高的声誉和地位，无论是教学还是研究水平均属一流。
南通理工学院和南通大学杏林学院虽然成立时间较短，但发展迅速，尤其是南通理工学院，作为一所新建本科院校，其升本后的发展势头良好。
这些排名综合了不同来源的信息，建议进一步核实相关数据以获得最准确的排名信息。