东京大学：
作为日本最高学术殿堂和帝国大学之首，东京大学在理学、工学、医学、文学等多个领域拥有世界级的学术影响力。特别是在土木建筑学领域，东京大学居于最尖端队列。相关研究科包括物理学、电气工学、机械工学、精密工学、材料工学、生物工程等。
京都大学：
京都大学是仅次于东京大学的学科齐全、规模宏大的国立综合大学。工学研究科实力非常强，尤其在科学研究方面，京都大学被誉为“科学家的摇篮”。相关研究科包括生物科学、机械理工学、材料工学、电气工学、电子工学等。
东京工业大学：
以工程技术与自然科学研究为主的日本顶尖、世界一流的理工类大学。尤其在机械工程、化学物流工学方面颇有建树。工科相关专业设置相当齐全，知名度与实际情况相符。相关研究科包括理工学研究科、生命理工学研究科、综合理工学研究科、信息理工学研究科、社会理工学研究科。
东北大学：
地处东北地区，在理学、工学、医学、农学领域的研究设施和水平在全国更为突出。理工学研究科绝对是首屈一指的。相关研究科包括机械系统设计工学、电气工学等。
庆应义塾大学：
日本久负盛名的世界著名研究型综合大学，素有亚洲第一私立学府之称。在理科领域内，庆应义塾大学在光电子纤维、分子发动机、干细胞、基因研究等生命科学等前沿学科占据先导地位。
东京理科大学：
以理科闻名的大学，在理工科方面的论文引用率常居日本前五名。学校最著名的四字教育方针——“实力主义”，只允许培养真正具有实力的学生毕业。在最新的QS排行中综合排名也位列MARCH之上。相关研究科包括理学、工学、基础工学部、药学部和经营学部。
这些大学在理科领域都有很高的学术水平和研究实力，建议根据个人兴趣和职业规划，选择合适的大学进行申请。